Jednym z największych sukcesów OTOP w czasie 20 lat istnienia było wyznaczenie w Polsce 141 ostoi ptaków o randze europejskiej i międzynarodowej (IBA), które po akcesji Polski do Unii zostały włączone w sieć obszarów Natura 2000. Kolejne ważne osiągnięcie OTOP to uruchomienie Monitoringu Pospolitych Ptaków Lęgowych na wzór programu brytyjskiego. Obecnie, po 11 latach, jest to olbrzymi program rządowy, część platformy Państwowego Monitoringu Środowiska GIOŚ. Na początku realizowany był przez 100 obserwatorów, teraz jest to kilka projektów monitoringowych obsługiwanych przez ponad 300 wolontariuszy ze strony OTOP.
Największym projektem prowadzonym przez OTOP jest czynna ochrona wodniczki, najbardziej zagrożonego ptaka śpiewającego Europy kontynentalnej. Jest to największy polski projekt ochrony gatunkowej, finansowany z unijnego funduszu Life.
OTOP, razem z innymi organizacjami zajmującymi się ochroną przyrody, włączył się w – zakończoną sukcesem w roku 2009 – kampanię przeciwko budowie trasy Via Baltica przez Dolinę Rospudy i inne ważne ostoje ptaków w północno-wschodniej Polsce. Obecnie OTOP stara się o lepsze lokalizacje lotnisk na Podlasiu i koło Warszawy, bierze udział w dyskusji na temat budowy zapory w Nieszawie, popiera także działania na rzecz ochrony Puszczy Białowieskiej i inicjatywę obywatelską „Oddajcie Parki Narodowi”.
