Nieznane okoliczności zaginięcia i sława Amerykanki stały się wodą na młyn teorii wyjaśniających jej nagłe zniknięcie. Pierwsze głosy pojawiły się już w październiku 1937 r. – australijski brukowiec donosił, że akcja poszukiwania Earhart była tak naprawdę pretekstem dla rządu USA do rozpoznania kontrolowanych przez Japończyków Wysp Marshalla. W filmach i książkach Earhart i Noonan byli przedstawiani jako para szpiegów zamieszanych w spisek rządu USA – mieli zostać złapani przez Japończyków na wyspie Saipan i tam straceni. Teoria spiskowa szybko zyskała popularność.
Jedna z bardziej nieprawdopodobnych hipotez głosiła, że Earhart udało się przeżyć – przybrała nazwisko Bolam i została gospodynią domową. Pojawiły się też pogłoski, że pilotka jest jedną z Tokijskich Róż – spikerek japońskich rozgłośni propagandowych. Putnam ponoć osobiście przeprowadził śledztwo w tej sprawie, ale w odsłuchanych nagraniach nie rozpoznał głosu żony. Dramat amerykański Amelia w reżyserii Miry Nair, z Hilary Swank w roli Earhart, to już czyste science-fiction.
Tyle teorii i fantazji. Gdzie w rzeczywistości tkwił błąd? Earhart była przecież doświadczonym pilotem, towarzyszył jej jeden z najlepszych na świecie nawigatorów. Pewien amerykański badacz po przeprowadzeniu analiz, m.in. dokumentacji radiowej ostatniego lotu, stwierdził krótko: Słabe planowanie, jeszcze gorsze wykonanie. Załogi statku i samolotu nadawały komunikaty na różnych częstotliwościach i posługiwały się innymi systemami czasu, przesuniętymi względem siebie o pół godziny, co mogło być przyczyną nieporozumień. W tamtych czasach standardowym sposobem łączności w powietrzu był alfabet Morse’a. Earhart go jednak nie znała – podczas lotu miała się kontaktować wyłącznie głosem przez radio.
Dlaczego załoga „Electry” nie była w stanie określić kierunku, z jakiego nadchodziły sygnały z kutra, a przez to ustalić jego pozycji? Niektórzy twierdzili, że Earhart nie opanowała obsługi radionamiernika, czyli odbiornika radiowego wyposażonego w antenę kierunkową. Urządzenie weszło do nawigacji w latach 30. XX w., było więc wówczas nowinką techniczną. Jeszcze inni sądzili, że podczas startu w Lae spod kadłuba mocno obciążonej „Electry” oderwała się antena. Nigdzie jej jednak nie znaleziono. Pojawił się też głos, że piloci sami ucięli antenę wielopasmową ze względu na jej bardzo niewygodną obsługę. Do tego dochodziły różne spekulacje: że wiatr w trakcie lotu był silniejszy, niż przewidywano, i paliwo skończyło się wcześniej. Że samolotu nie zatankowano do pełna. Że cienie rozproszonych chmur utrudniały rozpoznanie płaskiej wyspy Howland.
Historycy i badacze za najbardziej prawdopodobne przyjmują utonięcie „Electry”. Tak zresztą brzmiał ofi cjalny raport kończący poszukiwania. Kapitan kutra „Itasca” uważał, że stało się to niedługo po tym, jak Earhart nadała ostatni komunikat – przecież już wcześniej mówiła o kończącym się paliwie. Nie odnaleziono jednak wraku, mimo sondowania dna morskiego w różnych miejscach.
Istnieje jeszcze jedna teoria: samolot zdołał dolecieć do wysp Feniks, leżących najbliżej wyspy Howland. Przekonana była o tym m.in. matka Amelii, która zresztą nakłoniła Putnama, by prowadził tam poszukiwania. Trzeba dodać, że przez kilka dni po zaginięciu samolotu radiolatarnie na Hawajach, atolu Wake i wyspach Midway odbierały słabe, niewyraźne sygnały, mogące pochodzić z „Electry”, a docierające przypuszczalnie z wysp Feniks. Jeśli Earhart i Noonan zdołali gdzieś wylądować, z pewnością próbowali nawiązać łączność, dopóki nie rozładowały się baterie.
Wyspy Feniks znalazły się w 1937 r. w zasięgu oficjalnych poszukiwań. Nie znaleziono jednak samolotu, jedynie na bezludnej wówczas wyspie Gardner (obecnie Nikumaroro) dostrzeżono „ślady wcześniejszego zamieszkania” – zapewne pozostałości po istniejącej tam kiedyś plantacji palm kokosowych.
Tę drugą teorię, zwaną „teorią wyspy Gardner”, od lat bada fundacja Tighar (The International Group for Historic Aircraft Recovery). Jej członkowie zorganizowali już 10 ekspedycji, których celem było sprawdzenie, czy Earhart i Noonan rzeczywiście wylądowali i, być może, zmarli na Nikumaroro. Znaleziono pozostałości m.in. damskiego buta i kadłuba samolotu. Ale to, czy pochodzą one z zaginionej „Electry”, udowodnić jest tym trudniej, że od 1938 r. wyspa była zamieszkiwana przez ćwierć wieku. TIGHAR nie daje jednak za wygraną.
