Doktryna Santo Daime opiera się przede wszystkim na motywach zaczerpniętych z katolicyzmu - przeświadczeniu o fundamentalnym znaczeniu, jakie skromność, sprawiedliwość i miłość do bliźnich mają dla duchowego rozwoju jednostki, a także zwyczaju oddawania czci chrześcijańskim świętym. Wyznawcy tej religii uważają, że ich kościół jest narzędziem Maryi Dziewicy i Jezusa, a liany i liście używane do przygotowywania ayahuaski zawierają świadomość chrystusową, która w trakcie ceremonii przenika do ich wnętrza. Santo Daime zawiera jednak również elementy pochodzące ze spirytyzmu, takie jak wiara w reinkarnację i prawo karmy.

Rytuały picia daime

Mestre Irineu stworzył rytuały picia daime, które nazwał "pracami" (trabalho). Ceremonie te mają wzmacniać kontakt z dobrymi duchami, a jednocześnie odstraszać złe istoty. Odbywają się w zamkniętych, jasno rozświetlonych salach ozdobionych obrazami świętych, kadzidłami, świecami i zdjęciami duchowych przywódców ruchu. Na środku świątyni znajduje się zazwyczaj stół w kształcie sześcioramiennej gwiazdy, która dla wyznawców Santo Daime symbolizuje androgyniczną duchowość, łączącą w sobie męską i kobiecą świętość. Siedzi przy nim kapłan prowadzący ceremonię i najważniejsi członkowie wspólnoty.

Uczestniczący w rytuale mężczyźni siadają po lewej stronie pomieszczenia, natomiast kobiety po prawej. Wnętrza kościołów ayahuaskowych często zdobią również motywy słońca, księżyca i gwiazd, a na ołtarzu swoi krzyż o dwóch poprzecznych belkach, nazywany "krzyżem z Caravaca". Druga z owych belek symbolizuje drugie przyjście Chrystusa, które rzekomo nastąpiło w dżungli amazońskiej.

Zwyczajne ceremonie odbywają się dwa razy w miesiącu, a ich głównym elementem jest podanie wywaru wszystkim zgromadzonym, zazwyczaj kilku porcji. Przeważnie rozpoczynają się wieczorem i trwają kilka godzin. Dodatkowe, dłuższe rytuały odprawia się w święta chrześcijańskie i dni upamiętniające ważne wydarzenia z życia założycieli wspólnoty. Uczestnicy przez większą część ceremonii śpiewają pieśni przy akompaniamencie tradycyjnych instrumentów, a zazwyczaj również tańczą i potrząsają grzechotkami, wykonanymi niekiedy z aluminiowych puszek wypełnionych nasionami.

Bardziej kameralne i spokojniejsze sesje mają na celu pożegnanie zmarłej osoby lub uzdrowienie członka wspólnoty cierpiącego na jakąś chorobę. Jedynym rytuałem, który przeprowadza się na łonie natury, jest trwająca niemal dobę ceremonia przygotowywania daime. Mężczyźni wyruszają w jej trakcie do dżungli w poszukiwaniu lian Banisteriopsis caapi, a następnie je kawałkują, natomiast kobiety zbierają liście Psychotrii viridis.

Taki podział obowiązków wynika z faktu, że wyznawcy Kościołów ayahuaskowych uważają pierwszą z tych roślin za solarny, męski składnik, który decyduje o "mocy" wywaru, a drugą z nich za składnik lunarny, kobiecy, przynoszący uczestnikom sesji "światło", czyli wizje. Obydwa składniki gotuje się przez osiem do czternastu godzin.

Gdy rośliny śnią

Pieśni śpiewane podczas rytuałów są zgromadzone w modlitewnikach, które są jedynymi spisanymi zbiorami nauk Kościołów ayahuaskowych. Składają się z modlitw i inwokacji, a także opisów przeróżnych wizji i istot. Według wyznawców Santo Daime, oprócz znaczenia dosłownego, pieśni zawierają również znaczenie ezoteryczne, które staje się zrozumiałe pod wpływem daime. W modlitewnikach są one więc ułożone w kolejności odwzorowującej kolejne etapy doświadczenia ayahuaskowego, aby wzmacniać doznania uczestników sesji.

Daniel Pinchbeck i Sophia Rokhlin piszą w książce Gdy rośliny śnią: ayahuasca, amazoński szamanizm i ogólnoświatowy renesans psychodeliczny: "Pojawienie się nowych, ogólnodostępnych rytuałów ayahuaskowych w dobrze znanej otoczce chrześcijańskiej zjednoczyło ludzi z różnych ras i klas społecznych (...) Wokół nowych mitologii, rytuałów, zwyczajów i celebracji uformowały się małe wspólnoty ludzi oddanych wywarowi daime i jego zdolności do uzdrawiania, ujawniania i transformowania".

Po śmierci Mestre Irineu w 1971 roku grupy wywodzące się z założonego przez niego ośrodka zaczęły jednak ze sobą konkurować. Rozłam wynikał w głównej mierze z konfliktów dotyczących tego, kto jest prawowitym następcą mistrza, ale także z coraz wyraźniejszych różnic doktrynalnych. Na największą uwagę spośród powstałych wtedy nurtów Santo Daime zasługuje ośrodek o nazwie Centro Ecléctico de Fluente Luz Universal Raimundo Irineu Serra (CEFLURIS) ("Eklektyczny ośrodek Płynnego Uniwersalnego Światła Raimundo Irineu Serra"). Został on założony przez jednego z uczniów Serry zatrudnionego na plantacji kauczuku, Sebastião Mota de Melo (1920-1990), który chciał pomóc swoim zwolennikom w nawiązaniu głębszego kontaktu z siłą życiową naszej planety i prowadzić stabilną społeczność żyjącą w zgodzie z przygodą.

W 1983 roku założył więc w głębi dżungli wioskę o nazwie Céu de Mapiá, dbając o to, aby wspólnota była jak najlepiej zorganizowana, ponieważ uważał ją za narzędzie pozwalające nawiązać dialog pomiędzy boskością a ludźmi. W jego doktrynie pojawiło się więcej nauk ezoterycznych i wiara w zbawienną moc marihuany, która jest używana w trakcie ceremonii w celu wzmocnienia kontaktu z istotami duchowymi.

Członkowie CEFLURIS nazywają ją Santa María i uważają za roślinę Maryi Dziewicy. Wierzą, że zawiera żeńską siłę duchową, równoważącą męską moc ayahuaski, która jest przez nich utożsamiana z osobą Boga Ojca. Dzięki charyzmie Sebastião Mota de Melo ośrodki tego odłamu Santo Daime powstały w wielu miastach w Brazylii, a w późniejszym czasie również w Europie, USA i Japonii.