Kłopoty zaczęły się dawno temu. Metody naukowe prowadzą do prawd, które nie są oczywiste, często niesamowite, a czasem trudne do przyjęcia. Na początku XVII w., gdy Galileusz twierdził, że Ziemia obraca się wokół własnej osi i porusza wokół Słońca, nie tylko odrzucał religijną doktrynę. Prosił ludzi, aby uwierzyli w coś, co przeczy rozsądkowi – bo naprawdę wydaje się, że to Słońce krąży wokół Ziemi; przecież nie czujemy wirowania tej ostatniej. 200 lat później pogląd Darwina, że całe życie na Ziemi wyewoluowało z pierwotnego przodka i że my, ludzie, jesteśmy spokrewnieni z małpami, wielorybami, a nawet żyjącymi na dnie morza mięczakami, to nadal duży problem dla wielu osób. Tak samo jak inne stwierdzenie pochodzące z XIX w.: że dwutlenek węgla, niewidzialny gaz, który bez przerwy wydychamy i który stanowi mniej niż jedną dziesiątą procenta składu atmosfery, może wpływać na klimat na Ziemi.

Nawet gdy nasze umysły zaakceptują te prawdy naukowe, podświadomie trzymamy się tego, co podpowiada intuicja – badacze nazywają to naiwną wiarą. Badanie przeprowadzone niedawno przez Andrew Shtulmana z Occidental College wykazało, że nawet ludzie z wykształceniem naukowym musieli się chwilę zastanowić, gdy poproszono ich o potwierdzenie lub odrzucenie tezy, że ludzie pochodzą od zwierząt morskich lub że Ziemia krąży wokół Słońca. Oba te fakty przeczą intuicji. Studenci, nawet ci, którzy prawidłowo wybrali opcję „prawda”, odpowiadali na te pytania wolniej w porównaniu z pytaniami, czy ludzie pochodzą od stworzeń żyjących na drzewach (co też jest prawdą, ale łatwiejszą do uchwycenia) lub czy Księżyc krąży wokół Ziemi (stwierdzenie prawdziwe, ale zgodne z intuicją). Badanie Shtulmana pokazuje, że zyskując wiedzę naukową, tłumimy naszą naiwną wiarę, ale nie eliminujemy jej całkowicie.

Większość ludzi radzi sobie z tym, polegając na doświadczeniu osobistym i anegdotach, raczej na opowieściach niż statystykach. Możemy poddać się testowi na specyficzny antygen prostaty, bo dzięki temu badaniu wykryto nowotwór u znajomego. Tymczasem nie jest już ono zalecane, bo statystyki pokazują, że rzadko ratuje życie, za to jest powodem wykonania wielu operacji, które są zbędne. Albo słyszymy o licznych przypadkach raka w mieście ze składowiskiem odpadów i uznajemy, że za nowotwory odpowiada zanieczyszczenie. Sam fakt, że dwie rzeczy zdarzyły się jednocześnie, nie oznacza jednak, że jedna wywołała drugą, a to, że zdarzenia występują w grupach, nie znaczy, że są nieprzypadkowe.

Trudno przyjąć losowość – nasze mózgi pragną prawidłowości i znaczenia. Nauka nas jednak ostrzega, że możemy się oszukać. Aby mieć pewność, że istnieje związek przyczynowo-skutkowy między wysypiskiem a nowotworami, potrzeba analizy statystycznej pokazującej, że rak występuje tam o wiele częściej niż gdzie indziej. Trzeba dowodów, że chorzy byli narażeni na działanie substancji chemicznych zgromadzonych na wysypisku i że te ostatnie naprawdę są rakotwórcze.

Nawet dla samych badaczy wierność metodzie  naukowej jest postawą trudną. Tak jak wszyscy, są oni narażeni na to, co nazywają błędem konfirmacji. Jest to tendencja do poszukiwania i dostrzegania wyłącznie potwierdzeń tego, w co już wierzymy. Ale w przeciwieństwie do innych, przed publikacją naukowcy poddają swoje pomysły formalnej ocenie ekspertów z danej dziedziny. Gdy wyniki zostaną opublikowane (jeśli są wystarczająco ważne), inni naukowcy będą starali się je powtórzyć. A kierując się wrodzonym sceptycyzmem i wolą współzawodnictwa, z radością wykażą (jeśli zdołają), że nie są spójne. Wyniki naukowe są zawsze tymczasowe, można je łatwo zanegować w przyszłych eksperymentach. Naukowcy rzadko twierdzą, że odkryli prawdę absolutną. W pionierskich badaniach na granicy nauki niepewność jest nieunikniona.

Czasem naukowcy nie trzymają się metod naukowych. Szczególnie w badaniach biomedycznych istnieje niepokojący trend pojawiania się wyników niemożliwych do odtworzenia poza laboratorium, w którym je uzyskano. Doprowadził on do nawoływań o większą jawność sposobu prowadzenia doświadczeń. Francis Collins, dyrektor amerykańskiego Narodowego Instytutu Zdrowia, jest zaniepokojony „tajemniczym sosem” – specjalnymi procedurami, niestandardowym oprogramowaniem, tajnymi dodatkami – które naukowcy trzymają w sekrecie przed innymi. Ale wiary nie traci.

– Nauka znajdzie prawdę – twierdzi Collins.
– Może się mylić za pierwszym razem, za drugim, ale w końcu dotrze do prawdy.